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Chromas2操作指南.ppt

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Chromas2操作指南.ppt
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Chromas2操作指南Chromas简介: Chromas是一款非常简便的查看与分析基因序列的软件,安装与操作都非常简单,容易上手,非常适合初学者查看测序峰图,上图即为 Chromas程序界面。1Chromas2软件下载搜索与下载 Chromas软件安装包,以 Chromas2.3.1或 Chromas2.3.1为例,先点击注册补丁,再点击运行程序,弹出对话框,选择 “是 ”。2Chromas2软件安装点击 “确定 ”,运行相应程序,再点击 “Extract”。3Chromas2安装完成安装完成,运行程序,打开操作界面 。4Chromas2打开峰图文件点击右上角 “Open”,选择峰图文件(一般峰图文件为 abi与 SCF格式,此以 abi格式文件为例),点击 “打开 ”。5Chromas2查看峰图文件上图中,在引物段大约前 30个碱基机器是无法判读的,可忽略,往后拖动,便可得到下图中正常的峰形, 4种颜色的峰图分别对应 4种不同的碱基 。6Chromas2峰图调节在红色箭头的标注出,通过拉钮可以完成峰图的 “高 ”“矮 ”和 “胖”“瘦 ”的调节,使峰图观测更加舒适 。7Chromas2序列拷贝Chromas另一个重要功能是序列导出,以此点击 “Edit”→ “Copy Sequence”, 可导出如右图文字序列,用于储存或与模板比对。8峰图常见情况:高背景与不识别在 Sanger测序中,不足之处是会产生比较高的荧光背景,对峰图判断产生一定影响,如图红色方框内所示,其高度在 25%左右,所以要求模板与测序产物最好纯化后再上机检测。为了方便数据分析与核查, N表示软件无法判断的位点,或发生突变,或杂合,或其他情况,需要人工依次排查。9峰图常见情况: SNP与杂合子黑色箭头标注碱基为 G,为野生型单纯合子 。绿色箭头标注碱基为 A,为突变型单纯合子 。粉色箭头标注处为套峰,表明模板中同一位点含有 A和G两种碱基,为突变型杂合子 。10峰图常见情况:移码突变不同于单核苷酸突变 (SNP,单个套峰),如果峰图中出现大量连续的套峰时,说明基因序列发生了明显的核苷酸插入和缺失,即移码突变。可尝试将两组序列写出在一一比对,查出移码位点。11Thank you12
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