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afni中文教程_全版.doc

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转载者 cell 注: 本文件转存自蓝宝社区 http://www.labbio.com/, 并经作者同意首转发于心心水滴论坛http://www.123xxoo.cn.本教程适合 05 年 afni 的版本, 软件的新增功能请登陆 afni 官方网 http://afni.nimh.nih.gov 下载查询,或者登陆心心水滴论坛浏览其相关介绍.登陆蓝宝或心心水滴论坛,共同交流.AFNI 使用指南 (连载)--精心整理的 AFNI 教程特别奉献精心整理的 AFNI 使用指南,以飨读者。目 录0 前言 ………………………………………………………………… 11 如何获得并安装 AFNI …………………………………………… 12 基本概念 …………………………………………………………… 12.1 数据集 …………………………………………………………… 12.2 数据集的存储 ………………………………………………… 22.3 数据集块和子数据集块 ……………………………………… 22.4 集合或路径 ……………………………………………………… 22.5 文件类型 ……………………………………………………… 23 AFNI 的交互界面 ………………………………………………… 23.1 启动 AFNI ……………………………………………………… 23.2 AFNI 界面 ……………………………………………………… 33.3 在 Batch Mode 下使用 AFNI 命令 …………………………… 43.4 AFNI 的 Plugins ………………………………………………… 44 数据分析基本步骤 ……………………………………… 插页 1~135 数据处理基本步骤 ………………………………………………… 55.1 原始功能像的重建 …………………………………………… 55.2 转换成 AFNI 格式 …………………………………………… 55.3 功能像层面时间校正和运动校正 …………………………… 75.4 功能像的时间域滤波 …………………………………………… 125.5.a 功能像的空间平滑 …………………………………………… 125.5.b 补充内容 ……………………………………………………… 16包括去除头皮外伪影、去除异常时间点、时间序列时间点数据的标准化(difference/mean)、多个 run 的数据连接及去线性漂移。5.6.a 单个被试通用线性模型分析及结果显示 ……………………… 22包括 1D 参考波创建、t-检验及相关分析(及 Cluster Analysis)、3dDecon-volve 反卷积分析。5.6.b 激活图的 clustering, montage, and render ……………………… 315.7 空间标准化 (切换至 Talairach 坐标系) ……………………… 345.8 统计图的空间平滑 …………………………………………… 395.9 被试统计图的组分析 …………………………………………… 396 ROI(Region of Interesting)绘制及分析 …………………………… 456.1 手动绘制 ROI 及 ROI 分析 ……………………………………… 456.2 从激活图创建 ROI …………………………………………… 51附录 1 DICOM 图像标准 …………………………………………… 52附录 2 rnxpc 源程序 ………………………………………………… 52附录 3 应用于 3dDeconvlve 分析的脚本源程序 ………………… 53附录 4 AFNI Programs 'zzz' 值必须介于最小和最大位移之间注: 默认配准时间为'tpattern' 值均值(来自数据集头信息或 -tpattern 选项)-slice nnn = 配准每个层面的位移为 'nnn' 层面的时间位移注:选项-tzero 或-slice 只能用 1 个-prefix ppp = 用 'ppp' 作为输出文件的前缀。默认是'tshift'-ignore ii = 忽略最前面'ii' 个时间点(points)( 默认 ii=0)。最初的 ii 个值在输出文件中不发生改变(不管-rlt 选项);也不会用于 detrending 和 time shifting-rlt or –rlt+ = 在
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